Отказ возмещения по КАСКО обоснован не поданным в трёхдневный срок письменным заявлением….

Да, конечно. Это не является существенным условием договора страхования и на размер вреда вряд ли могло повлиять.

Да, можно оспорить, но достаточно сложно и будет зависеть от обстоятельств причин такой поздней подачи. Проводите оценку ущерба и обжалуйте отказ через суд.